大約在5000多年以前，蚩尤所在的九黎部落生活在以山東為中心的地區，后來與生活在山西的炎帝進行了一場大戰，蚩尤大敗炎帝。隨后炎帝聯合來自甘肅的黃帝，與蚩尤在河北涿鹿進行了大決戰，蚩尤戰敗被殺。九黎部落一部分逐漸融合在炎黃部族，形成了今天中華民族的最早主體；一部分南遷到湖北、湖南地區成為三苗部族；一部分轉變成了羌族、瑤族等少數民族。后來三苗又陸續西遷到貴州、四川和云南等地，其中一支進入了重慶彭水，在這里繁衍生息。

九黎部落、三苗部族和現在的苗族是一脈相承的同一民族群體，在五千年歷史變遷中，苗族人仍然將蚩尤奉為先祖，將九黎部落聯盟視為先民。在歷史上，對蚩尤和九黎部族的描寫多有偏見，《國語》說：“九黎亂德，民神雜糅，不可方物”。

1992年，中國史學界將蚩尤與炎帝、黃帝列為中華民族人文三祖，蚩尤終于被正名。中華民族具有尋根祭祖的傳統。千百年來，清明時節祭祀黃、炎二帝已成為傳統。在苗族的一些寨子，每年也祭祀蚩尤，但是規模都很小。