中國的檢驗檢疫機構設置與世界各國均不一樣，可謂是具有中國特色的檢驗檢疫機構，是中國改革開放和經濟發展到一定程度的必然要求，符合中國的當前國情。2001年，為適應中國加入WTO的需要，中國的檢驗檢疫部門與質量監督部門合并在一起，共同組成國家質量監督檢驗檢疫總局(以下簡稱“國家質檢總局”），為正部級機構。為了履行國務院賦予的出入境檢驗檢疫職能，國家質檢總局在全國31個省(自治區、直轄市）設有35個直屬出入境檢驗檢疫局，海陸空口岸和出入境貨物集散地設有近300個分支局和200多個辦事處，共有檢驗檢疫人員3萬余人。國家質檢總局對全國出入境檢驗檢疫機構實施垂直管理。

國家質檢總局負責組織起草有關質量監督檢驗檢疫方面的法律、法規草案，制定和發布有關質量監督檢驗檢疫方面的規章和制度，負責組織實施與質量監督檢驗檢疫相關的法律法規，指導和監督質量監督檢驗檢疫的行政執法工作。